これは、雨水を抜くための穴です。

煙突トップがＴ笠やＨ笠の場合、煙突トップから煙突内に雨水が入ることがあります。
煙突壁出しの場合、煙突トップから入った雨水は屋外のＴ曲に溜まることになりますので、溜まった雨水を抜くためにＴ曲のフタに穴を付けています。

煙突の設置が適切であれば、屋外側Ｔ曲（＝フタが下を向く）場合はもちろん、室内側Ｔ曲（＝フタが横を向く）場合でもフタの穴から煙が漏れることはありませんが、気になるようでしたらフタの内側からアルミテープを貼ったりビスを打って塞ぐなどしてください。